На территории, которая теперь принадлежит Музею Мирового океана, находился порт. Портовые сооружения в Кенигсберге строились с XVII века. Они часто горели, затем перестраивались, изменялись. Портовые склады, в которых сегодня разместился выставочный корпус «Пакгауз», были построены в середине XIX века. В этот же период, вероятно, появилась причальная стенка и булыжная мостовая. В середине XIX века в этом районе был построен железнодорожный мост (сохранился до наших дней), а позже — крупный железнодорожный узел, позволявший перегружать грузы из портовых складов в вагоны и отправлять по назначению. Территория, расположенная вдоль реки Прегель, была разрушена в годы Второй мировой войны. Причальная стенка и мостовая были восстановлены музеем в 2000–2003 годах, здания — в 2006–2007 годах.

Сегодня портовые сооружения в комплексе с причальной стенкой, булыжной мостовой, железнодорожным мостом и коллекцией музейных экспонатов, выставленных под открытым небом, напоминают уголок старого города середины XIX века.

В выставочном корпусе размещена экспозиция «Морской Кенигсберг-Калининград», рассказывающая морскую историю города-порта. Здесь также проводятся сменные выставки, выставки живописных и фотографических работ.